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水华现象的产生原因是涉及到的藻类有蓝藻、绿藻、硅藻等，通常水的颜色呈现出绿色或蓝色。温度在20℃以上、水体pH值偏高、光照度强且时间久的条件下，藻类迅速繁殖，形成水华。也有部分的水华现象是由浮游动物——腰鞭毛虫引起的。
水化现象的成因
1 富营养化
富营养化是水体发生水华的物质基础和首要条件，水域中氮磷等营养盐类、铁锰等微量元素及有机化合物的含量增加能够促进水华现象生物的大量繁殖。
2 气象和理化
水文气象和水体理化因子的变化是水华现象发生的重要原因。水的温度是水华现象发生的重要环境因子，当水温20—30℃时最适宜水华现象发生。另有监测资料表明，在水华现象发生时，水域多为干旱少雨，天气闷热，水温偏高，风力较弱，或者潮流缓慢等水域环境。
3 自身污染
沿海地区的海水人工养殖种投饵量偏大，导致池内残存饵料增多，严重污染养殖水质，这些养殖废水每天排入水体，伴随着大量氨氮、尿素、尿酸及其他形式的含氮化合物进入水体，加快了水体富营养化程度，增加了水华现象发生的频率。
水华现象的危害
水华作为一种世界性的公害，在全球多国发生都很频繁。在日本近海淡水流入的内湾，自春至秋均有发生。近年，随着城市和工业废水的增加而出现了富营养化，在东京湾、濑户内海、有明海等赤潮现象频繁发生。淡水中的水华现象以滇池、太湖和巢湖等最为著名。
①水华现象的发生，破坏了海洋的正常生态结构，因此也破坏了海洋中的正常生产过程，从而威胁海洋生物的生存。
②有些水华现象生物会分泌出粘液，粘在鱼、虾、贝等生物的鳃上，妨碍呼吸，导致窒息死亡。含有毒素的水华现象生物被海洋生物摄食后能引起中毒死亡。人类食用含有毒素的海产品，也会造成类似的后果。
③大量水华现象生物死亡后，在尸骸的分解过程中要大量消耗海水中的溶解氧，造成缺氧环境，引起虾、贝类的大量死亡。
水华大量发生时，水面形成一层很厚的绿色藻层，能释放毒素—湖靛，对鱼类有毒杀作用。藻类死亡、腐败、分解后，消耗大量水中溶解氧，使水体产生恶臭，不仅破坏水产资源，也影响水体美学与游乐。