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影响有调节气候的功能减弱；生物多样性减少；湖泊对洪涝的调蓄能力减弱；降解污染物的功能减弱等。湖泊是气候变化风向标，巨大的蒸发量是调节湖区“小气候”的重要因素，也是影响周边动植物分布的主要因素。
湖泊的功能
湖泊是地球表层系统各圈层相互作用的联结点，是陆地水圈的重要组成部分，与生物圈、大气圈、岩石圈等关系密切，具有调节区域气候、记录区域环境变化、维持区域生态系统平衡和繁衍生物多样性的特殊功能。
湖泊对自然地理环境的影响
湖泊能够调节河川径流、发展灌溉、提供工业和饮用的水源、繁衍水生生物、沟通航运，并且还有改善区域生态环境以及开发矿产等多种功能，在国民经济的发展中发挥着重要作用同时，湖泊及其流域是人类赖以生存的重要场所。
(一)提供水源:湿地常常作为居民生活用水、工业生产用水和农业灌溉用水的水源.溪流、河流、池塘、湖泊中都有可以直接利用的水.其它湿地,如泥炭沼泽森林可以成为浅水水井的水源；
(二)补充地下水:我们平时所用的水有很多是从地下开采出来的,而湿地可以为地下蓄水层补充水源.从湿地到蓄水层的水可以成为地下水系统的一部分,又可以为周围地区的工农生产提供水源.如果湿地受到破坏或消失,就无法为地下蓄水层供水,地下水资源就会减少。
(三)调节流量,控制洪水:湿地是一个巨大的蓄水库,可以在暴雨和河流涨水期储存过量的降水,均匀地把径流放出,减弱危害下游的洪水,因此保护湿地就是保护天然储水系统。
(四)保护堤岸,防风:湿地中生长着多种多样的植物,这些湿地植被可以抵御海浪、台风和风暴的冲击力,防止对海岸的侵蚀,同时它们的根系可以固定、稳定堤岸和海岸,保护沿海工农业生产。如果没有湿地,海岸和河流堤岸就会遭到海浪的破坏。