吉布提全国大部分地区均属热带沙漠气候,内地则近于热带草原气候。全境终年酷热少雨,4月至10月为热季,平均气温37℃,最高气温达45℃以上。11月至翌年3月为凉季,气温通常在23℃到30℃之间,平均气温27℃。雨量稀少,年平均降雨量为150毫米。
吉布提共和国资源贫乏,主要有盐、石灰岩、珍珠岩和地热资源。盐矿总储量约为20亿吨,主要分布在阿萨尔盐湖。石灰岩和石膏矿均属埋藏浅、储量大、易开发的优质矿;珍珠岩估算储量达4800万吨;内地四个区均发现含金构造。沿海地区已发现有含油构造。地热资源丰富,但因地下水含盐度太高,开发难度较大。