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基因的分离定律是一对等位基因的遗传规律，描述的是等位基因分离的情况；而基因的自由组合定律则是两对及两对以上的等位基因间的遗传规律，属于非等位基因组合的情况。
基因的分离定律和自由组合定律区别
1、研究性状：
基因的分离定律：1对；
基因的自由组合定律：2对或n对(n>2,下同)。
2、等位基因对数：
基因的分离定律：1对；
基因的自由组合定律：2对或n对。
3、等位基因与染色体的关系：
基因的分离定律：位于1对同源染色体上；
基因的自由组合定律：分别位于2对或2对以上同源染色体上。
4、细胞学基础（染色体的活动）：
基因的分离定律：减数第一次分裂后期，同源染色体分离：
基因的自由组合定律：减数第一次分裂后期，非同源染色体自由组合；减数第一次分裂前期，同源染色体的非姐妹染色单体间交叉互换。
5、遗传本质：
基因的分离定律：等位基因分离：
基因的自由组合定律：非同源染色体上的非等位基因的重组互不干扰。
基因的分离定律和自由组合定律的联系
1、在形成配子时，两个基因定律同时其作用。
在减数分裂时，同源染色体上等位基因都要分离；等位基因分离的同时，非同源染色体2、分离定律是最基本的遗传定律，是自由组合定律的基础。