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等位基因是控制同一性状的两个不同基因，如：Aa，Bb。相同基因只控制同一性状的相同基因，如：AA，BB。等位基因是指在一对同源染色体上，占有相同座位的一对基因，它控制一对相对性状。
什么是等位基因
等位基因，是指位于一对同源染色体相同位置上控制同一性状不同形态的基因。
注释：同源染色体是在二倍体生物细胞中，形态、结构基本相同的染色体，并在减数第一次分裂（参考减数分裂）的四分体时期中彼此联会（若是三倍体及其他奇数倍体生物细胞，联会时会发生紊乱），最后分开到不同的生殖细胞（即精子、卵细胞）的一对染色体，在这一对染色体其中的一条来自母方，另一条来自父方。
二者的区别
染色体是成对出现的。等位基因，是你的一对染色体上相同位点的两个基因。故称等位（位置像同桌关系）。相同基因就是一样的基因。
等位基因可以是相同的，也可以不同。相同时，称为纯合子，不同的称杂合子。