学校机关设一办七处,下辖航空航天医学系、军事预防医学系、军事生物医学工程学系、药学系、军事医学心理学系、护理系、基础医学院、研究生院、空军特色医学中心(北京)、空军卫勤训练基地、第一附属医院(西京医院)、第二附属医院(唐都医院)、第三附属医院(口腔医院)、空军第九八六医院等。
学校现有本科学历教育、研究生教育、任职教育3个培训层次。学校是国务院批准的首批博士、硕士学位授权单位,现有博士学位一级授权学科12个,硕士学位一级授权学科12个,并设有10个博士后流动站。目前有6个学科领域进入ESI全球前1%,25个学科排名全国前10名。现有国家重点和培育学科19个,国家重大科研基础设施1个,国家重点实验室2个,国家临床医学研究中心2个,国家临床重点专科军队建设项目23个,全军医学专科中心35个,军队后勤科研实验室19个,全军医学专业重点实验室17个。