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一是要用史实来规劝汉武帝及后来的历代帝皇，使他们以史为鉴，不走暴虐亡国之路；二是历史发展进程上到司马迁时尚无一部完整的通代史，使其立志写史，以补缺千秋遗憾；三是身受腐刑之辱，使其发愤成就千秋大业，以备聊度残生。
《史记》的撰述动机
第一，司马迁为了继承父亲司马谈编订史书的遗志，完成撰述《史记》的宏愿。司马氏世代为史官，司马谈一心继承先人久绝的世业—太史令，重视孔子撰述《春秋》的精神，整理和论述上代历史，《隋书‧经籍志》说︰「谈乃据《左氏》、《国语》、《世本》、《战国策》、《楚汉春秋》，接其後事，成一家之言。」可见司马谈有意继续编订《春秋》以後的史事。然而，於元封元年，汉武帝行封禅大典，为古今旷见大典，司马谈身为太史令，却无缘参与当世盛事，引为终生之憾，忧愤而死。他死前将遗志嘱咐儿子司马迁说︰「今天子接千岁之统，封泰山，而余不从行，是命也夫！余死，汝必为太史，无忘吾所欲论著矣……」司马迁则回答道︰「小子不敏，请悉论先人所次旧闻。」可知司马迁乃秉承父亲的遗志完成史著。而《史记》以「封禅书」为其八书之一，即见其秉先父之意。
第二，司马迁想继承《春秋》精神。司马迁在《太史公自序》说︰「先人有言，自周公卒，五百岁而有孔子，孔子卒後，至於今五百岁，有能绍明世，正《易传》、继《春秋》、本《诗》、《书》、《礼》、《乐》之际，意在斯乎？意在斯乎？小子何敢让焉？」此正暗示其有明道义，显扬志业人物的使命。《春秋》的下限，到鲁哀公获麟之年，此後的史事就没有完整的史籍记载。司马迁是绍继《春秋》，并以汉武帝元狩元年「获麟」及太初元年改历下限，撰写史记。然而，司马迁继承《春秋》，不仅是要形式上承继周公以来的道统，反而是重视《春秋》的性质，他在《太史公自序》说︰「夫《春秋》，上明三王之道，下办人事之纪，别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖，存亡国，继绝世，补敝起废，王道之大者也……《春秋》以道义，拨乱世，反之正，莫近於《春秋》。」可见司马迁对「春秋之义」和「春秋笔」心仪已久，这是他要承孔子的真意、秉承《春秋》褒贬精神，撰述《史记》。
第三，司马迁要肩负史家职责。据《後汉书百官志》载︰「太史令」只是六百石小官，职责仅在於管理图籍，掌管星象天文，极其量只在於记录上代及当代事情，并无著述的责任。然而，司马谈和司马迁明显不满足於「拾遗补蓻」。司马谈早有整理上代历史的计划，可惜却「发愤而卒」，临终前叮嘱司马迁，认为「自麟以来，史记放绝。今汉兴，海内一统，明主、贤君、忠臣、死义之士」甚多，身为太史令，有完成论载上代历史的任务。司马迁在《太史公自序》也指出身为太史的职责说︰「且余尝掌其官，废明圣盛德不载，灭功臣、世家、贤大夫之不述，隳先人之言，罪莫大焉。」因此，司马迁一心秉承先人世传及「述往事以思来者」的责任感，决意撰述《史记》。其实，史迁在《报任安书》中亦透露著述《史记》的目的，☆他说「凡百三十篇，亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。」可见司马迁不但要完成太史令的责任，更要尽史学家的职责。
司马迁写史书的目的
1、父授遗命
汉武帝元封元年（前110年）春天，汉武帝东巡渤海返回的路上在泰山举行封禅大典。作为参与制定封禅礼仪官员的司马谈却因病留滞在周南（今湖北）未能继续前行，更因此而心中愤懑以致病情加重。奉使西征的司马迁在完成任务后立即赶往泰山参加封禅大典，行到洛阳却见到了命垂旦夕的父亲。
弥留之际的司马谈对司马迁说：“我们的祖先是周朝的太史。远在上古虞舜夏禹时就取得过显赫的功名，主管天文工作。后来衰落了，难道要断送在我这裹吗？你继为太史，就可以接续我们祖先的事业了。
如今天子继承汉朝千年一统的大业，到泰山封禅，而我不得从行，这是命中注定的啊！我死以后，你一定会做太史；做了太史，你千万不要忘记我要编写的论著啊。
2、“究天人之际，通古今之变，成一家之言”。
意思是：研究探索自然规律和社会规律之间的对立统一关系，理顺明白从古代到现在的变化迁移，成就自己的独立完善的理论著述。