RT-PCR反应受多个因素影响,如硫酸镁的浓度, 引物退火的温度,扩增的循环数等。
1、建议选择0.5-3.0 mM (相差0.5 mM)的硫酸镁作初步实验。
2、对于具有较高Tm的引物,增加退火和延伸时的温度对反应有利。较高的温度有利于减少非特异的引物结合,因而提高特异产物的得率。
3、大多数目标RNA经40轮PCR反应就能观察到。但如果目标RNA太稀少,或者只有很少的起始材料,有必要增加扩增的次数到45-50次。
1、从RNA(或mRNA)反转录合成cDNA第一链:
2、于95℃加热5~10min,灭活反转录酶,使RNA—cDNA杂交体变性,然后迅速冰浴冷却:
3、PCR扩增:方法基本同PCR。
cDNA第一链合成方法:20ul反应液中含10xPCR扩增缓冲液,2ul;四种dNTP(10 mmol/L)2ul;RNA酶抑制剂20U;mRNA,l~2ug(或RNA 5-10ug);AMV,20U;引物,1u;最后用灭菌水补至20ul。 以上溶液充分混匀后,于42℃反应60min,反应完毕后将反应管在95℃下加热5min,使反转录酶失活和RNA—cDNA杂合物变性。其后反应液则可置于-20℃下保存备用。