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平行志愿按照“分数优先，遵循志愿”的原则进行投档，对同一科类分数线上未被录取的考生按总分从高到低排序进行一次性投档，每个考生投档时，根据考生所填报的院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的院校。
平行志愿投档原则
第一，按投档成绩将每个专业类别的考生从高到低排队。在对同一批次的平行志愿进行投档时，每个专业类别都有一个队列，谁的投档成绩高，谁就排在某个队列的靠前位置。
第二，按每个队列的考生顺序，依次浏览不同考生的志愿。只有前面考生的档案去向明确后，计算机才会浏览紧随其后那位考生的志愿。
第三，具体到某一个考生的志愿，则按照该考生填报的院校专业组顺序依次浏览。计算机投档时，先浏览你所填报的第1个院校专业组，如果这个院校专业组此时还有空余计划，说明它的招生计划还没有被排在你前面的所有考生“用”完，你的档案可以投进这个院校专业组。
如果第1个院校专业组满员了，再查阅你的第2个院校专业组是否有空余计划，如有计划则投档，如没有计划则浏览你的第3个院校专业组。依此类推。如果计算机浏览到你填报的最后一个院校专业组仍没有空余计划，表明你此次投档踏空，则需密切关注这个批次的征集志愿，或参加下一批次投档。
平行志愿填报技巧
技巧1：交叉突破。
文科考生报考理工科院校的文科专业，理科考生报考文史类院校的理科专业。报考的人数相对较少，使考生可以较低的分数被录取。
技巧2：充分注意文理兼招的专业。
某些文理兼招的专业易为一些竞争力不强的考生所突破，像经济学、管理学、文学、教育学、法学等学科门类下边的绝大多数专业都能实行文理兼报。
技巧3：院校分差，梯度主要是由排序在第一的院校。
A志愿所制约，如果A志愿是冲高的院校或专业，其排序在后的志愿之间梯度可适当大一些。如果A志愿是力保的理想院校或专业，其余各院校或专业之间的梯度就要小一些。