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平行志愿按照“分数优先，遵循志愿”的原则进行投档，对同一科类分数线上未被录取的考生按总分从高到低排序进行一次性投档，即所有考生排一个队列，高分者优先投档。每个考生投档时，根据考生所填报的院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的院校。
平行志愿录取顺序
在某个招生批次投档前，先将全省同类考生（文、理、体、艺）按高考成绩总分由高分到低分排序。然后从第一名考生开始，依次把考生向其所填的院校志愿中投放，轮到某考生投档时，投档操作运行过程如下：
先检索该生所填报的第一志愿院校计划数是否招满，如没有招满则将该考生的档案投向第一志愿院校。若第一志愿院校已经招满，则检索其第二志愿院校是否已经招满，若未招满则将该考生的档案投向第二志愿院校。若第二志愿院校已经招满，则检索其第三志愿院校是否已经招满，按照与处理第二志愿完全相同的方式处理第三志愿……当检索处理完该考生的所有志愿后，若该生的档案仍未投出，该生本批次投档结束，该生未能被本批次录取。
平行志愿与顺序志愿的区别
顺序志愿的投档原则是“志愿优先，从高分到低分”，把考生的高考志愿作为录取投档的第一要素，最大程度地满足考生的志愿要求。对选报同一志愿院校的考生按院校确定的调档比例从高分到低分进行投档，第一志愿录取结束后再进行第二志愿投档录取。举个例子来说，一旦考生将某高校放在第二志愿，即使你分数再高，如果该校一志愿已经招满了且不预留招收二志愿的名额，你的档案也不会投向该校。
平行志愿的投档原则是“分数优先，遵循志愿，一次投档”。对同一科类批次线上未被录取的考生按成绩从高分到低分排序进行一次性投档。本科平行投档时根据考生所填报志愿院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的高校。分数优先，是指招办按考生总分排序后依次投档，比如说，某考生所报志愿为A、B、C、D等四所院校，录取时，批次线上考生先按分数大排队，然后由计算机逐一检索考生志愿，如果考生符合A校投档条件，则投档到A校;如果不符合A校的投档条件，则检索B校，若符合投档条件，则投档到B校，若不符合，继续检索，依此类推，直到检索到考生分数符合的院校后，将其投档至该校。档案一旦投出，即不再检索该生其它志愿。