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含义不同、用法不同。how long意为“多长时间”，主要用来对for加一段时间和长度提问；how often意为“每隔多久”，主要用来对频率副词或者状语提问。
long
Long，英语单词，主要作为形容词、副词、名词、动词，作形容词时意为“长的；长时间的；远的；长音的；（人）高的；持续的；冗长的；记得牢的；较大量的；远期（获利）的”，作副词时意为“长期地；（某事之前或之后）很久地；（时间名词后）整个时间；远地”，作名词时意为“长时间；长音；远期证券；（服装的）长尺寸；长裤，（美、英、爱）隆（人名）”，作动词时意为“渴望，盼望”。
often
(1)表示“经常”，通常放在行为动词之前，特殊动词（助动词、情态动词以及动词be）之后。如：
He was often late for class.他上课经常迟到。
We often go skating together.我们常常一道去溜冰。
You must often come to see us.你要常来看我们。
(2)如果句子较短或为了强调，often可以放在句末。如：
You won’t see her often.你不会常常看到她的。
如果句子较长或为了强调，often也可以放句首。如：
Often I miss breakfast and have an early lunch instead.我常常不吃早餐，而吃一顿早午餐。
有时位于句首或句末是因为本身带有修饰语（如quite, very, so等）。如：
Quite often the phone rings when I’m in the bath.电话经常在我洗澡时响。
When I was young, I used to play tennis very often.我年轻时经常打网球。
(3)有时often不是用于说明句子中的动词，而是用于说明整个句子的，此时也通用于句首。如：
Often, in the evening, we’d hear the sirens.常常我们会在傍晚听到警报声。
Often, when he should have been doing something useful, he wasted his time drawing little pictures.常常当他应当干些正经事时，他却浪费时间画小画。
(4)often置于句首时，有时其后可接倒装语序（但这并不是必需的）。