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意思不同、用法不同、侧重点不同。How come意思：为什么；怎么会…（那样）。why意思：(用于问句)为什么，为何，(反问，表示不必)何必，(说明理由)为什么，…的原因。
how come 和why的区别
用法不同
1.How come用法：作感叹词时，主要表示吃惊、承认、认可，如果对方提的问题过于简单，回答时可以用来表示轻微的惊异，有时用来表示不耐烦、抗议或异议。
2.why用法：why的意思是“为什么”，可用作疑问副词，也用作关系副词，还用作连接副词，可以引导名词从句。why作为疑问副词，引导特殊疑问句或省略的特殊疑问句，表示疑问，意思是“为什么”，后面跟不带to的动词不定式，意思是“为什么要…”，表示某一动作是不必要的或无意义的。
侧重点不同
1.How come侧重点：侧重于口语用法，不在书面语中出现。
2.why侧重点：侧重于万能的问原因，什么时候都可以用。
HOW的用法
副词 ad.
1.(指方式、方法)怎样,怎么
How did you climb to the top of that building?
你是如何爬上楼顶的?
2.(指健康等情况)怎样
How is Mrs. Smith?
史密斯太太身体好吗?
3.(指数量、程度)多少
How many students are there in your class?
你班里有多少学生?
4.(表感叹)多么
How I wish to have a long vacation these days!
这些天我多么希望去度一次长假啊!
5.(通常于can连用)(表理由)为何
How can you do such a thing to her?
你怎么能对她做出这种事来?
连接词 conj.
1.(用于间接陈述中,意义和作用与that相仿)
This is how we became acquainted.
我们就是这样认识的。
2.【口】=however
名词 n.
1.方法,做法[the S]
The book tells you about the how and the why of flight.
这本书告诉你飞行的方法和原理。