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培养方向是不同的，指挥类是培养指挥型型军官，非指挥类主要是技术型军官，而且学的科目不一样指挥类专业主要学习的是军事学等学科，非指挥类主要学习工学，理学等学科而且考研的名额和留校名额也不一样，分配的单位也不一样指挥类主要分配基层连队担任排长等职务，而非指挥类主要分配技术岗位，研究所等科研院校。
国防科技大学指挥类和非指挥类的区别
指挥类军事院校主要为军队培养基层军官，包括步兵、炮兵、工兵、防化等兵种学院，指挥类军校学员毕业后，绝大多数要分配到部队基层单位担任副连职排长，身份为指挥军官，身份证件为军官证或警官证（武警）；
非指挥类军事院校通常为专业技术院校，主要为军队培养初级专业技术人员，包括军医、军械、军事交通等专业院校，专业技术院校学员毕业后。
基本上分配到部队医疗机构、科研院所、部队技术保障部门，身份为专业技术军官或军队文职干部，身份证件为专业技术军官证（里面内容与普通军官证不同）或文职干部证。
国防科技大学简介
国防科技大学的前身是1953年创建于哈尔滨的中国人民解放军军事工程学院，即著名的“哈军工”，陈赓大将任首任院长兼政治委员。“哈军工”创办于朝鲜战争期间，是新中国第一所高等军事工程学院，其卓越的办学成效铸就了我国国防科技和高等教育史上一座丰碑。1970年，学院主体南迁长沙，改名为长沙工学院。