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意思不同、时态不同、用法不同。be doing的意思是正在做......，将要做......；be going to do的意思是将要做.......。be doing是现在进行时；be going to do是打算做某事。be doing是进行时态的谓语结构；be going to do具有一定的目的性和计划性。
be doing和be going to do的不同
be doing一般代表的时态是正在进行时（表示现在进行的动作或存在的状态。现在进行时表示动作发生的时间是“现在”，动作目前的状态是“正在进行中”），但有时也可代表一般将来时（表示最近将要做某事，但仅仅限于某些瞬间动词如：如go，start等词）。
be going to do只可以代表的时态是一般将来时。它表示将来打算、计划去做或者有意去做的事。
be doing：动名词做主语时，谓语动词为单数，在动名词和不定式中，作为介词的宾语是动名词，动名词的否定直接在其前加否定词。如he is cooking（他正在做饭）。
be going to do：常常和表示将来的时间状语连用。一般的用法形式是主语+be动词+going to 动词（be going to）。