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系不是专业也不是学院。如果按等级分的话,系是包含专业的,系比专业等级高,学院是按学科大类划分的。大学里的系，是大学里按学科所分的教学行政单位。每个系，开设有若干专业，所以系跟对应的专业是一种包含关系。
大学里的学部，学院和系有什么区别
一、大学中的学部、学院、系，都是一级行政管理单位，属于层层管辖的关系。
二、在2000年高校合并大潮前，各个大学的规模都不是特别大，所以学部的概念还没有出现，基本上大学都是在整个大学的框架下，下设学院或者系作为下一级的行政单位，有的大学设大学-学院两级，有的下设大学-系两级，也有的下设大学-学院-系三级行政单位。
三、随着高校不断合并壮大，单个大学的体量越来越大，以前简单的2-3级行政管理层级越来越不能满足所需，于是学部就诞生了。目前一些比较大规模的高校扩充行政层级到大学-学部-学院-系四级结构。层层管辖，大学管理几个学部，每个学部管理几个学院，每个学院管理几个系。当然也有一些小体量的大学依然是2层行政机构。
四、随着管理层级的增加，学校的行政管理成本也在不断加大，沟通成本逐渐提升，虽然在管理范围上满足了所需，但是在管理效率上的确产生了一些问题，这个在不远的将来会成为很多大学的研究课题之一。
系和学院的区别
一、级别不同。
学部学部制是超越学院层次的一种开放式跨学科组织。综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成“学部”。
学院包含两层意思，第一种是的是比大学规模较小的高校，通常学科门类相对较少的高校，这类高校下面还可设立二级学院和系。第二种是在大学中设置的二级学院，学院一般包含多个相近的学科专业或学系。
系是高学校按照专业性质设置教学行政组织。级别上一般低于学院，一个系一般设一个或几个性质相近的专业。一般两至三个系组成一个学院，也有规模较大与学院平级的直属系。
二、规模不同。
一般来说，在规模上呈现学部>学院>系的情形。
三、中外高校设置不同
学部制起源于欧洲，在欧美及日本大部分著名高校均采用学部制，逐渐形成类似大学——学部——系——研究所的高校学术组织架构。
在中国，大陆学校中少有设置学部的情况，多为大学——学院(直属系)——系——实验室的学术组织架构。