学校设有13个学院(部),2个研究院;有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科,有中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学、医学技术等7个硕士学位授权一级学科,有中医学、中药学、药学、护理学等4个硕士专业学位类别;
有中医学、中西医结合等2个博士后科研流动站;有中医学、中医骨伤科学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像技术、食品科学与工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、健康服务与管理、听力与言语康复学、康复物理治疗、康复作业治疗等20个本科专业。现有全日制在校生1.2万多人,其中研究生2200多人。
福建中医药大学 是福建省一流大学和一流学科建设高校、福建省重点建设高校、国家“卓越医生(中医)教育培养计划”改革试点高校、教育部本科教学工作水平评估优秀学校、国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。学校是中国内地第一所招收台湾学生的中医药院校。
福建中医药大学创建于1958年8月,原名福建中医学院,是中国创办较早的高等中医药院校之一,2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。