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独立学院毕业证和本部不一样。独立学院的毕业证书上盖的章是独立学院的章，而学校本部的学生毕业证上的章则是学校本部的印章，所以两者的毕业证还是有区别的。
独立院校是公办还是民办
独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策；由省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作。
申请正式设立独立学院，审批机关应当按照民办教育促进法规定的期限，作出是否批准的决定。批准的，发给办学许可证；不批准的，应当说明理由。
独立学院和民办大学有哪些区别
民办学校是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。独立学院是由普通本科高校按新机制、新模式举办的本科层次的二级学院，是普通高校的优势资源办学资源与优质社会资本相结合的民办高等教育机构。
民办院校：国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会举办的高校及其他教育机构。通常在招生章程中会有这么一句话——“具有高等学历教育招生资格”。
独立院校：民办性质，是由普通本科高校与社会力量及企业、事业单位、社会机构或个人合作举办的进行本科层次教育的高等教育机构。因为要依赖于普通本科高校，所以通常会以“XXXX大学XX学院”来命名。
独立院校一定是本科，而民办院校专科、本科都包含。
独立院校一直以来都让人分不清是公办还是民办，它们顶着公办高校的名头，却按照民办高校的方式来收费，这主要是因为独立院校“国有民办”的运作方式，由公办高校和社会联合办学，所以设在某一大学名下，可能在同一个校园，也可能有自己独立的校区，虽然因此资金负担较重，但有一点是好的，就是大都数情况下，和母体学校的师资方面是互通。
民办院校就纯粹得多了，自己的校名、师资队伍、组织结构、校区，并且独立颁发毕业证。