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办学主体、资金来源、学费、办学性质不同。民办院校和公办院校的根本区别就是办学的性质不同，公办院校是国家出资，以国家为后盾，但是公办高校和民办高校办学的目的都是为祖国的社会主义事业培养可用的人才。
民办学校和公办学校都是经过相关部门批准才成立的学校，两者间最大的区别应该就是资金来源不同了。公办学校是国家拨款，大部分办学经费都是来自政府；而民办学校则是要靠自筹，办学经费主要是来自企业。
民办学校是由民间资本为主体办学的，其法人代表为最大股份持有者；公办学校由国家出资办学，其法人为代表国家机关来管理学校资产者。
公办高校实行是党委领导下的校长负责制，党委书记实际上成为学校一把手。公办中小学和幼儿园由区、县教育局领导下的校长负责制，主要领导权力在当地教育局手中；而民办学校是由董事会领导下的校长负责制，实际领导权力在大股东的手中。
由于我国的公有制体制，所以公办学校往往能够获得更多的教学资源，民办学校相对就比较有限。但在一些基层的中小学和幼儿园，由于规模不大，且办学者重视，常常会拥有比同类公办学校更好的条件，当然学费也相对更高。