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独立学院的设立是根据教育部的行政规章，举办方是国家承认的本科院校和社会上的组合及个人，而民办学院的设立是根据民办教育附近法，举办方是社会上的个人及组织。
其实独立学院在举办方、学校的性质以及师资力量上都是有一定的不同的，由于独立学院是和普通本科院校一起办学，所以在师资上可能会共享，而民办学校都是自己的师资。
民办院校既有专科也有本科，而且独立学院由于适合本科院校合作办学，所以独立学院也都是本科院校。
民办院校都是有自己的学校名称和自己的校园，也是自己独立颁发毕业证，组织机构也是自己的，而独立学院的学校名称是挂在某一个大学的下面的，比如首都师范大学科德学院这所独立院校，就是挂名在首都师范大学下面的，有些独立学院也有可能会和挂名大学共用一个校园，有些也会有自己的校园。
独立院校毕业证书也有可能是挂名大学的毕业证书，但前提也是学习好的同学。有些挂名大学的毕业证书是红色的，独立院校是蓝色的，当然大部分同学的毕业证书都是盖“某某大学某某学院”的印章。
民办院校的发展时间比独立学院发展时间长，民办院校已经有三十年多年的历史了，而独立学院开始兴起的时间其实很短。
民办院校经过这么长时间的发展，也有很多好的学校，比如：武昌首义学院、西安外事学院、西安欧亚学院等，而独立学院是依附于一些知名大学，并且挂名在这些学校下面。