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投档原则是“分数优先、遵循志愿”，过程为“排序→检索(分档)→投档→录取”。高校在接到考生电子档案后，按高校公布的招生章程分专业进行录取，完成招生计划后将多余的考生进行退档。
1.排序：对同一批次考生分文、理科分别从高分到低分逐个进行排序，即按科类分数从高到低排队。
2.检索(分档)：按位次排在前(分数高)的考生所填报的志愿进行检索分档，再对下一位次考生进行志愿检索。例如，重庆市本科第一批设平行的6个志愿，按前后顺序分别为A，B，C，D，E，F志愿，检索时计算机先判断位次在前考生的A志愿，如符合A志愿高校的投档条件，则将考生分配给A志愿高校，后续的B，C，D，E，F志愿就不再检索，以此类推。一旦考生符合某一志愿的投档条件，后续志愿就不再检索。如A志愿高校投档已满，该生不符合A志愿高校的投档条件，此时，计算机则判断该生的B志愿，看是否满足B志愿高校的投档条件;如不符合，则继续判断C志愿高校。以此类推，如果该生6个志愿都不满足对应高校的投档条件，则该生在本轮投档中就无法投档，只能等待征集志愿再进行投档了。该生检索结束后，计算机会自动检索下一位次考生所填报的6个志愿，直到所有达到本科一批控制线的考生都检索完毕。此时，所有符合条件的考生都已分配给了相对应志愿的高校。
3.投档：将所有检索后符合投档条件(排在高校投档数内)的考生电子档案发给高校进行审录。重庆市平行志愿的调档比例原则上控制在105%左右，也就是说，高校公布的录取计划为100人，市教育考试院会投放105名考生档案给高校，即投档数为105。如果高校有调档比例要求，则按高校要求的比例进行投档。