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有2个校区，分别是哈尔滨工程大学青岛校区、哈尔滨工程大学本部。学校先后隶属于第六机械工业部、中国船舶工业总公司、国防科工委，现隶属于工业和信息化部。是工业和信息化部、教育部、黑龙江省、哈尔滨市共建高校。
哈尔滨工程大学本部：黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号。
学校1978年被国务院确定为全国重点大学；是首批具有博士、硕士学位授予权单位，首批“211工程”重点建设高校；2002年，获批建立研究生院；2011年，成为国家“985工程”优势学科创新平台项目建设高校；2017年，进入国家“双一流”建设行列；是国家“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）领域重要的人才培养和科学研究基地。
学校在教育部第四轮学科评估中获A+、A-等级学科各1个，获B+等级学科5个，B级学科6个，13个学科进入全国前30%行列；学校材料科学、工程学、化学进入ESI全球前1%。