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蒙药学专业的学生主要面向蒙医医疗机构、蒙药生产与经营企业、药品质检机构，在蒙药种植、制剂生产、质检、营销与管理等岗位群，从事蒙药种植、鉴定、前处理、炮制、制剂生产、质量检测、营销与管理等工作。
蒙医学包括基础理论、蒙药与蒙药方剂、临床各科等几大学科。蒙医基础理论主要研究人体生理、病理、疾病的诊断和治疗原则以及治疗方法等，对临床各科具有指导意义的一门学科。蒙医学理论来源于临床实践，又反过来指导临床实践，并在实践中不断得到充实和发展。
蒙药学专业培养具备蒙药学基本理论.基本知识和基本实验技能以及与其相关的蒙医学、药学等方面的知识与能力，能在蒙药生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事蒙药鉴定、设计、制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
蒙药学专业的学生主要学习蒙药学各主要分支学科的基本理论和知识，受到蒙药学实验方法和技能的系统训练，具有蒙药鉴定、蒙药炮制、蒙药制备、质量控制评价的基本能力。