江南大学设有18个学院(部),包括食品学院、生物工程学院、纺织科学与工程学院、化学与材料工程学院、物联网工程学院、环境与土木工程学院、商学院、理学院、机械工程学院、设计学院、药学院、医学院、马克思主义学院、人文学院、外国语学院、法学院、人工智能与计算机学院和体育部。涵盖理、工、医、文、法、经济、管理、教育、艺术等学科门类9个。
江南大学建有博士后流动站7个,食品科学与工程、轻工技术与工程、纺织科学与工程、控制科学与工程、化学工程与技术、设计学、环境科学与工程等7个博士学位授权一级学科,29个硕士学位授权一级学科以及14个硕士专业学位授权类别。轻工技术与工程、食品科学与工程2个学科入选“双一流”建设学科名单;建有食品科学与工程国家一级重点学科1个和二级重点学科5个;建有设计学、控制科学与工程、化学工程与技术、纺织科学与工程等江苏高校优势学科建设工程立项学科4个,化学工程与技术、设计学、计算机科学与技术等“十三五”江苏省重点学科3个。