1952年高等院校院系调整,学校民族学系、社会学系、语文系(民族语文系)、历史系并入中央民族学院(今中央民族大学)法学院并入北京政法学院(今中国政法大学),经济学系并入中央财经学院(今中央财经大学)工科并入清华大学,文、理科并入北京大学,北大迁至原校园“燕园”。
对于它的传承问题,现时存在的主流意见分为三种:
(1)由于它的教会精神和立校精神等本质并无其他大学直接继承,是以认为它并不具有任何承继者。
(2)燕京大学接收了文、理学系的北京大学和接收了工学系的清华大学两校在教员和学员上承担了它的后继责任,亦间接吸纳了燕京大学的学术思想,因此两校均为燕京大学的传承者。
(3)因并校而吸纳了燕京大学大部分人才并同时搬入燕园的北京大学从人员和设施配套(包括图书馆)上均在一定程度上继承了燕京大学的角色,因此认为北京大学可以在某程度上称为燕京大学的传承者。