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自主招生是正常高考的辅助手段，是对高考制度的重要补充。自主招生主要选拔的是具有学科特长和创新潜质的优秀学生，而普通高考招生更看重的是考生的综合成绩。
1、组织主体不同，自主招生的组织主体主要是经教育部许可的部分高校，普通高考则是由各个省的考试院组织；
2、就参加主体来看，参加自主招生的考生是少部分有特长的学生，比如竞赛获奖、成绩优秀等，参加普通高考则是绝大部分的学生，同时，参加自主招生考试的学生还要同时参加普通高考，自主招生则起到了一个降分录取的作用；
3、就考试形式来看，自主招生包括笔试、面试等多种考试形式，而普通高考则主要是笔试。