横断山脉由于走向特殊、地理位置特殊,它在地理、地质、生物、水文等诸多科学领域有重要意义。横断山脉成为印度洋的暖湿气流进入我国的通道,印度洋的暖湿气流被喜马拉雅和冈底斯两条东西向的高大山脉所阻挡,沿南北走向的横断山脉进入我国,给青藏高原东南地区带来丰沛雨水,进而对这里冰川发育、植物分布有重大影响。由于横断山脉的形成过程是逐渐由近东西走向变为近南北走向的,使这里的生物逐渐进化出非常特殊的适应性,成为动物、植物学研究的热点地区。另外由于横断山脉的交通困难,许多地方很少受外来影响,保存了许多少数民族独特文化和未被破坏的自然景观。