太阳耀斑爆发时,不仅会严重危及宇宙飞行器内的宇航员和仪器的安全,无线电通信尤其是短波通信,以及电视台、电台广播,也会受到干扰甚至中断,太阳耀斑爆发时产生极光,并干扰地球磁场而引起磁暴。太阳耀斑对气象、水文以及动植物的生长等方面也有着不同程度的直接或间接影响。
太阳大气中充满着磁场,磁场结构越复杂,越容易储存更多的磁能。
当储存在磁场中的磁能过多时,会通过太阳爆发活动释放能量,太阳耀斑即是太阳爆发活动的一种形式。
长期的观测发现,大多数耀斑都发生在黑子群的上空,且黑子群的结构和磁场极性越复杂,发生大耀斑的几率越高。平均而言,一个正常发展的黑子群几乎几小时就会产生一个耀斑,不过真正对地球有强烈影响的耀斑则很少。