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耀斑主要出现在太阳的色球层。太阳耀斑是发生在太阳大气局部区域的一种最剧烈的爆发现象，在短时间内释放大量能量，引起局部区域瞬时加热，向外发射各种电磁辐射，并伴随粒子辐射突然增强。
耀斑成因
太阳大气中充满着磁场，磁场结构越复杂，越容易储存更多的磁能。
当储存在磁场中的磁能过多时，会通过太阳爆发活动释放能量，太阳耀斑即是太阳爆发活动的一种形式。
长期的观测发现，大多数耀斑都发生在黑子群的上空，且黑子群的结构和磁场极性越复杂，发生大耀斑的几率越高。平均而言，一个正常发展的黑子群几乎几小时就会产生一个耀斑，不过真正对地球有强烈影响的耀斑则很少。
色球层温度
色球层温度至内而外 4,600K~几万度。
色球层在太阳大气层内却出现温度的反常分布。在厚度约2,000公里的色球层内，温度从光球顶部的4,600K增加到色球顶部的几万度，而其他的一些物理参数（如密度、电离度等）和一些物理过程也发生巨大的变化。因此,色球物理状况的研究，引起了太阳物理学者很大注意。