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上海海关学院有9个本科专业，学生毕业就业去向因专业而各有差异，如从事教学、审计等工作等。学生毕业后面向社会自主择业。
院系专业设置
学校现设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院和检验检疫技术交流部（筹）等八个院（系）；设置了海关管理、行政管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、应用统计学、法学、英语等9个本科专业和公共管理硕士、税务硕士2个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。
学生毕业生能进海关吗？
学院各专业毕业后均面向社会自主择业。海关管理专业学生毕业后如报考公务员招考职位，必须严格遵循报考当年的国家公务员考试录用政策和规定。
毕业生就业率如何？
我院历届本科毕业生初次就业率平均为93.29%。
| 年份 | 平均 | 物流管理 | 税收学 | 法学 | 审计学 | 国际商务 | 海关管理 | 英语 |
| 2011（07级） | 83.30% | 78% | 81% | 92% | — | — | — | 一 |
| 2012（08级） | 82.30% | 87% | 83% | 78% | — | — | — | 一 |
| 2013（09级） | 85.17% | 84% | 87% | 80% | 84% | 98% | 78% | 一 |
| 2014（10级） | 96.17% | 97% | 100% | 97% | 100% | 97% | 86% | 一 |
| 2015（11级） | 95.63% | 100% | 91.4% | 97.1% | 94.3% | 100% | 86.6% | 100% |
| 2016（12级） | 93.88% | 96.55% | 100% | 97.22% | 97.56% | 97.22% | 89.66% | 92.31% |
| 2017（13级） | 93.69% | 100% | 95.31% | 94.59% | 100% | 100% | 89.45% | 94.12% |
| 2018（14级） | 96.88% | 97.67% | 95.56% | 96.67% | 97.56% | 95.24% | 97.07 | 97.5% |
| 历届平均 | 93.29% | 92.53% | 91.66% | 91.57% | 95.57% | 97.91% | 87.8% | 95.98% |