中国海关高等教育起始于1908年清政府在北京建立税务学堂(后更名为税务专门学校,并迁址上海),该学堂是世界上最早从事海关高等专业教育的学校之一;上海海关学院前身为1953年设立的上海海关学校;1980年经国务院批准,升格为上海海关专科学校;1996年更名为上海海关高等专科学校。2007年3月,教育部批准在上海海关高等专科学校的基础上设立上海海关学院。
学校现设有海关管理系、经济与工商管理系、法律系、外语系、基础部(思想政治理论部)等五个教学系(部);设置了海关管理、物流管理(口岸物流方向)、审计学、国际商务(国际关务方向)、税收学、法学(涉关法学方向)、英语(商务应用方向)等7个本科专业和税务硕士专业学位点,涵盖管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。其中,海关管理专业为国家控制布点特设专业,法学、税收学专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。
国家控制布点特设专业:海关管理
国家特色专业:税务
国家级特色专业建设点:法学(海关法方向)、税务(关税方向)