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马鞍山二本院校有马鞍山学院和皖江工学院。这两所学校在安徽是第二批次招生。自2017年开始，安徽高考本科二批、三批合并为本科二批招生。
马鞍山学院
马鞍山学院，前身是安徽工业大学工商学院，成立于2003年6月，是由安徽工业大学申办，经教育部和安徽省人民政府批准设立的独立学院。2014年12月，由安徽工业大学与深圳市赛为智能股份有限公司合作举办安徽工业大学工商学院，2019年6月，经教育部批准，安徽工业大学工商学院转设为马鞍山学院。学院位于安徽省马鞍山市当涂县黄池路8号，占地面积1000亩，交通便捷，气候宜人。
皖江工学院
皖江工学院，坐落于全国文明城市——安徽省马鞍山市，是经教育部批准，拥有学士学位授予权的省属普通本科高校。学校前身为河海大学与江苏大业投资有限公司、无锡市大业房屋建设开发有限公司合作举办的独立学院——河海大学文天学院，2008年5月7日经教育部批准设立，2012年顺利通过学士学位授予权评审，被批准为学士学位授予单位。2018年学校经国家教育部评审，成功转设为独立设置的民办本科学校，更名为皖江工学院。学校占地面积1700亩，分霍里山和郑蒲港两个校区。校舍建筑面积40.57万平方米。