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复旦大学王牌专业主要有哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学、马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、基础医学等。
复旦大学国家重点学科
| 序 号 | 一级学科 | 二级学科 | |
| 1 | 哲学 | 产业经济学 | |
| 金融学 | |||
| 2 | 理论经济学 | 政治学理论 | |
| 国际关系 | |||
| 3 | 中国语言文学 | 历史地理学 | |
| 中国近现代史 | |||
| 4 | 新闻传播学 | 计算机软件与理论 | |
| 内科学 | 心血管病 | ||
| 5 | 数学 | 肾病 | |
| 传染病 | |||
| 6 | 物理学 | 儿科学 | |
| 神经病学 | |||
| 7 | 化学 | 影像医学与核医学 | |
| 外科学 | |||
| 8 | 生物学 | 眼科学 | |
| 耳鼻咽喉科学 | |||
| 9 | 电子科学与技术 | 肿瘤学 | |
| 妇产科学 | |||
| 10 | 基础医学 | 流行病学与卫生统计学 | |
| 药剂学 | |||
| 11 | 中西医结合 | 社会医学与卫生事业管理 | |
复旦大学第四轮学科评估结果
在此次学科评估中，复旦大学共有38个学科参评， 获批A类（A+、A、A-）学科23个，占参评学科数60.5%。
复旦大学A+学科5个，包括哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学；A学科8个，包括马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、基础医学；A-学科10个，包括：应用经济学、社会学、外国语言文学、生物学、生态学、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合。