目前,学校拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类;2017年,学校入选“双一流”建设高校名单,确立了27个“双一流”建设学科,是一所世界知名、国内顶尖的综合性研究型大学。
目前,复旦大学有直属院(系)35个,附属医院18家(其中4家筹建)。学校设有本科专业79个,拥有一级学科博士学位授权点37个,一级学科硕士学位授权点43个(含一级学科博士学位授权点),博士专业学位授权点4个,硕士专业学位授权点32个,博士后科研流动站35个。
学校有国家重点实验室5个,国家数学中心1个,国家教材建设重点研究基地1个,国家临床医学研究中心2个,国家制造业创新中心1个,教育部工程研究中心7个,教育部重点实验室14个,卫健委重点实验室9个,总后勤保障部卫生部重点实验室1个,上海市重点实验室15个,上海市工程研究中心11个;有教育部人文社会科学重点研究基地10个,中国研究院入选首批国家高端智库建设试点单位,马克思主义学院入选首批全国重点马克思主义学院,“中国大学智库论坛”秘书处落户复旦。