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在大学军训期间请假的主要后果取决于请假的原因和程序。正常情况下，如果是因为生病或家里有急事等特殊情况请假，是不会被扣学分的。但如果请假原因不符合规定或未经批准，可能会导致学分受到影响。
军训期间生病了能不能请假
军训期间生病了通常是可以请假的。
军训的目的是培养学生的纪律性和团队精神，但前提是要保证学生的身体健康。如果在军训期间生病，如感冒、发烧、肠胃炎等，应该及时向教官、辅导员或相关负责人说明情况，并提供必要的医疗证明（如校医院的诊断证明），申请请假休息和治疗。
请假的时长会根据病情的严重程度而定。轻微的病症可能只需要请假一天或半天，病情较重则可能需要请假数天。
比如，一位同学因为肠胃炎导致身体虚弱、频繁腹泻，这种情况可能需要请假2-3天进行治疗和休养，待身体恢复后再归队参加军训。
需要注意的是，请假回来后可能需要根据教官的安排，补上因请假错过的训练内容或者完成相关的任务。
大学军训请假有什么后果
首先很多学校会把大学军训作为一个学分的考核项，并且是单独一项，如果你没有参加大学军训，那么你这项学分是没有的。
大学军训并不要求所有学生必须都去，一些有特殊病症的开了病历证明之后是可以不去的，不过如果学校对大学军训很在意的话，一般的病例是没有办法的，就算生病，也要在旁边站着或者坐着。
不参加大学军训和逃离军训是两种不同的概念，有的学校会选择在校园内进行军训，如果逃跑了那么就会被视为情节严重的，轻者被导员教育重者直接记处分。
军训其实也没有那么可怕，虽然比较累，但是他是正常人都能接受的程度，也就半个月，咬咬牙就过去了，所以能去参加就还是参加比较好。军训的时候，你也可以认识新的同学，交到好朋友。不然开学了以后，参加军训的同学都很熟悉，只有你一个人孤孤单单的，交际能力差点的人就不太好融入集体生活了。建议大家还是要参加军训的哟。
军训是学生接受国防教育的基本形式，是培养“四有”人才的一项重要措施，是培养和储备我军后备兵员及预备役军官，壮大国防力量的极度有效的手段。
军训是必修课，这个学分是必须得到的，如果有假条，可以暂缓军训，但是一般是需要在下一届军训的时候补上的，如果，实在是因为身体原因需要申请免修，而不是请假。
大学军训请假如果是正规手续的话，就没有什么后果。但是如果你没有证明就不参加军训，就要承担后果。