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二本和三本的区别在于录取批次不同、录取分数不同、办学水平不同、学科设置不同、社会认可度不同。官方其实并没有二本大学和三本大学的区分，目前流传的一二三本大学的说法，属于民间的定义。
二本和三本的不同
（一）录取批次不一样
三本是本科第三批次录取，二本是本科第二批次录取。大多数省市区都是按批次进行录取，一般情况下，三本是在二本之后进行录取。不过，目前部分省份将原普通高校招生普通文理类本科二批、本科三批两个招生录取批次合并为“本科二批”，取消本科三批。
（二）录取分数不一样
三本录取分数比二本录取分数低。学生在填报志愿的时候，也会清楚地发现，其实越好的大学分数线也就越高，所以不用层次的本科院校在招生的录取分数线上其实也是有很大的不同，学生们想要考上更好层次的大学自然也是需要更高的分数。
（三）办学水平不一样
三本的办学水平相对较低，二本的办学水平相对较高。三本主要是以独立学院、民办学校为主。二本高校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校。
（四）学科设置不一样
二本学校的学科设置更加完善和多样化，涉及的学科范围更广。三本学校的学科设置相对单一，专业范围较窄。
（五）社会认可度不一样
二本主要是由一些办学历史较为悠久，但还没有更名为大学的学院组成，社会上对于二本的认可程度更高。因此，从社会认可度上来看，三本的社会认可度低，二本的社会认可度较高。
什么是二本和三本
第二批本科，简称“二本”或“本二”。本科第二批学校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校，有些全国高校中综合实力靠前的学校也在高考本科第二批中招生。
第三批本科，简称“三本”或“本三”。三本大学多为一本，二本大学举办的独立学院，当三本大学转设为民办大学时，会与举办方脱离关系（即单飞），转设后性质多成为民办普通二本高校。