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生物医学工程专业毕业可以进入国家医用器械司及各级医用器械检测所，成为专业领域内专门研究医用器械的人才。或者在各级医院的医学工程处、设备处、信息中心或者是医学影像科就业。这些地方大多属于事业单位，而且工作相对稳定。
生物医学工程工作方向
一般来说，生物医学工程工作方向还是很广的，绝大部分本科毕业生都会选择考研乃至考博来继续深造，过来人都知道，该专业对学历的要求还是挺高的，要想在本学科有所建树或想从事高级技术工作的人必须走读研这条路。而且，学历越高的人，不仅选择面大，还可以延伸到更多相关领域，比如生物、制药、食品等。
生物医学工程专业毕业之后适合到医药、食品、环保、商检等部门当中从事生物产品的技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等工作，或是教学部门的研究与教学工作;还可以去国家医疗器械司或各级医疗器械检测所;也可以到各级医院的医学工程处、设备处、信息中心以及医学影像科工作;另外，各大跨国或是国内医疗器械企业也是相当不错的工作选择。
生物医学工程专业就业前景
生物医学工程专业工作前景还挺好的。生物医学工程专业这个名字大家一听到就会以为是医学专业，其实它是属于计算机、电子、医学交叉的一个专业，生物医学工程不归医学类专业管辖，而是不折不扣的工科专业，毕业后授予的不是医学学士，而是工学学士。
目前，生物医学工程是综合了生物学、医学和工程学的理论而发展起来，由于是多学科的有机融合，它与生物学、医学这些传统的经典学科又有所不同，也有别于纯粹的工程学科。
生物医学工程是工程学与生命、医学紧密交叉的学科，它致力于用工程学的手段解决生命、医学及健康领域的问题，特别是研究、开发创新型的医疗设备、检测方法、材料制剂等。生物医学工程是极具前景的朝阳学科，将在本世纪为整个工程科学、生命科学与医学科学带来深远变革，更将成为促进全民健康事业发展的核心力量。
生物医学工程专业毕业的研究生具有将生物、医学与工程技术相结合的综合能力。尤需具备两方面技能：其一是新品研发，其二是仪器操作。生物医学工程领域、生物技术领域、生物信息领域、医疗卫生部门等相关工作单位对该类人才也都有强大的需求。