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平行志愿投档是按照填的学校顺序投档的。平行志愿的投档原则就是分数优先，遵循志愿。遵循志愿就是按照考生自行选择的志愿填报顺序依次检索，前面填报的院校被投档后，后面填报的院校就不再检索。
平行志愿投档顺序
在某个招生批次投档前，先将全省同类考生(文、理、体、艺)按高考成绩总分由高分到低分排序。然后从第一名考生开始，依次把考生向其所填的院校志愿中投放，轮到某考生投档时，投档操作运行过程如下：
先检索该生所填报的第一志愿院校计划数是否招满，如没有招满则将该考生的档案投向第一志愿院校。若第一志愿院校已经招满，则检索其第二志愿院校是否已经招满，若未招满则将该考生的档案投向第二志愿院校。若第二志愿院校已经招满，则检索其第三志愿院校是否已经招满，按照与处理第二志愿完全相同的方式处理第三志愿……当检索处理完该考生的所有志愿后，若该生的档案仍未投出，该生本批次投档结束，该生未能被本批次录取。
由此可见，平行志愿是按考生所填的顺序依次检索考生所填的各个学校的，填在前面的学校先检索，后面的后检索，如果被前面某个志愿学校录取了，那此次录取就结束了，后面的志愿就不起作用了。
平行志愿的投档规则
平行志愿的投档规则与单个志愿的投档规则不一样，目前各省大都是按照“分数优先，遵循志愿”的原则投档，即谁的分数高，在平行志愿投档时就占有优势，优先投档。投档时，计算机投档系统将严格按照考生的特征成绩分数与政策性照顾分值的总和)从高到低顺序逐个检索、投档。
相同分数投档：当考生总分相同时，分别比较各科分数。如山东：文史类按照语文、综合1、数学、外语、基本能力的顺序，理工类按照数学、综合2、语文、外语、基本能力的顺序，依次比对单科成绩，成绩高者位次在前。考生投档分及各单科成绩均相同时，比对随机码，随机码小的位次在前。随机码在高考前由计算机生成。