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申请条件不同。保送生的申请条件由教育部统一规定，要严格一些，而自主招生则由各高校确定，相对宽泛一点。优惠政策不同。经省级招办审核录取的保送生免于参加普通高校招生全国统一考试;而自主招生的考生必须参加高考，仅在录取时一般可增加 20～30分提档或者增加一定分数进行专业录取。
保送生的录取程序
第一步：高校公布当年招收保送生的招收计划、具体条件和考试招生办法。
第二步：考生和中学将学生有关材料在高校规定的日期前寄送至高校招生部门。
第三步：高校对保送生的申请材料进行资格审查。
第四步：高校对具有保送生资格的学生进行考核，并确定是否录取。
第五步：高校将拟录取的保送生名单报生源所在省级招办审核并办理录取手续。
第六步：保送生被高校录取后，录取名单在生源地中学张榜公布;省级招办负责在本省媒体上公布本省保送生名单;教育部将全国所有具有保送生资格的学生名单在中国高等教育学生信息网上公布。
参加自主招生的考生分类
1、高中阶段学习成绩优秀、品学兼优、综合实力强或取得优秀荣誉称号的的高三毕业生;
2、在一定领域具有学科特长，在各类比赛及竞赛中获得奖励的考生;
3、高中阶段在科技创新、发明方面有突出表现并获得奖励的考生。
自主招生又称自主选拔，是高校选拔录取工作改革的重要环节。2003年，中国教育部开始推行自主招生，结束了此前高校只能在每年同一时间招考的历史。