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东南大学有四个王牌专业，分别是：建筑学、土木工程、交通运输专业、生物医学工程。
东南大学四大王牌专业
建筑学：
建筑学是东南大学历史最悠久，举世瞩目的一个王牌专业，东南大学的建筑系，是我国成立最早的建筑系，国内建筑方面的国家级重点学科，东大占据了30%以上。
东南大学的“建筑学”，入选了国家“世界一流学科”建设名单，全国学科评估A+类的学科，国家重点学科，国家级特色专业建设点等荣誉。是我国建筑类人才培养的“黄埔军校”，顶尖王牌，实至名归。
生物医学工程：
这个专业是东南大学依托传统优势学科去发展交叉学科与边缘学科的一次成功的创新，也是东南大学获评A+类的5个学科之一，5个国家级重点学科之一，从“中国最好学科排名”来看，东南大学的生物医学工程，实力排在全国前三。
土木工程：
东南大学土木工程，同样是获评了A+学科的专业，在上一轮教育部专业评估中排名第二，仅次于同济。虽然，现在对于大学生就业而言，已不是土木专业的黄金时期，但是东南大学的土木工程专业，却是每年高考志愿的香饽饽。原因主要还是学校专业建设的实力享誉世界，走出去的学生也能经得起市场的考验。
交通运输专业：
国家一级重点学科，第三轮、第四轮全国学科评估中的评估结果为A+学科，多次蝉联第一，也是属于东南大学的金字招牌，科研实力非常厉害，东南大学以高速公路起家，在交通、土木方面的专业底蕴很足。