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一般来说高三办休学手续最迟在第一学期结束的时候,高三第二学期原则上不允许休学。具体的时间规定要根据所在学校的在校学生管理规定, 这是当地教育部门与学校制定的文件。
高三办休学的详细流程
学生因病不能坚持学习，须持县级以上(含县级)医院病情诊断证明书，由学生或其家长提出书面申请，经学校批准，并报所属教育行政主管部门备案，方可办理休学手续。
如有其它特殊情况必须休学者，须由学生或其家长提出书面申请并提供有关证明材料，经学校批准并报所属教育行政主管部门备案后，方可办理休学手续。
学生患有严重传染病者，应安排休学。
学生单学期请假时间累计超过全学期三分之一的，应劝其休学。
学生休学期为一年。学生休学期间，保留学籍。期满要求复学者，由学生本人或其家长提出申请，因病休学的，还须持县级以上(含县级)医院证明，经学校批准，方可复学，并由学校上报所属教育行政主管部门备案。
休学相关规定
1．见学生手册中《大学本科生学籍管理规定》。
2．学生有下列情况之一者，应予休学：
a学生因伤、病经医院诊断，须停课治疗、休养占一学期总学时1/3以上者。
b根据考勤，一学期因病请假而累计缺课超过该学期总学时1/3以上者。
c因某种特殊疾病原因，学校认为必须休学者。
d在允许修业年限内，学生休学一般以一年为期，特殊情况经学校批准可适当延长，但累计不得超过两年。