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重点学科是遴选出来的，数量很少，分国家级和省部级。特色专业一般是根据学校的传统和特点而设置的，教育部给的名额很多，因而入选数量很多，不能代表同类专业的最高水平。含金量是国家重点学科＞国家重点（培养）学科＞国家特色专业。
什么是国家级特色专业
国家级特色专业是中国高校在一定的办学思想指导下和长期的办学实践中逐步形成的具有特色的专业。具体而言，特色专业是指一所学校的某一专业，在教育目标、师资队伍、课程体系、教学条件和培养质量等方面，具有较高的办学水平和鲜明的办学特色。
国家级特色专业已产生较好的办学效益和社会影响，是一种高标准、高水平、高质量的专业，是“人无我有，人有我优，人优我新”的专业。国家级特色专业则表明高校的此专业在国内具有特色，在全国都具有优越性。
国家特色专业有什么好处
全国范围内特色鲜明、优势明显、教学质量较高的专业授予国家级特色专业，相对而言比较好；
但这个头衔含金量不一定高，得看具体情况；如该专业是国家重点学科，或者是省部级重点学科 + 一级学科博士点 + 博士后流动站，一般而言，实力非常不错；如果连硕士点都没有，一般而言，实力就很弱了，只是照顾性的给了些相对本校其他专业更突出的专业一些名额罢了；
国家级特色专业给的名额很多，比国家重点学科的含金量低很多。