京师大学堂是当时国家最高学府,最初也是国家最高教育行政机关,行使管理职能,统辖全国教育。《京师大学堂章程》中提到其办学方针是“中学为体,西学为用” 。后历经“戊戌政变”、义和团运动、八国联军侵占北京等变故,京师大学堂屡遭摧残,以致停办。1902年,清政府重建京师大学堂,设速成、预备两科,创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。同年,京师大学堂仕学馆、师范馆成立。1912年5月4日,京师大学堂仕学科更名为北京大学,旋即冠“国立”,国立北京大学是中国历史上第一所冠名“国立”的大学。
京师同文馆主要是培养外语人才,而京师大学堂则是培养高等人才的综合性大学;京师同文馆于1861年开办,京师大学堂,学校创办于1898年;早期京师同文馆独立,后被并入京师大学堂。