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高考三本院校合并到二本批次招生后，对考生、家长填报志愿，选择大学带来的冲击和影响是非常大的，由于合并后二本分数线降低，原来的三本院校合并到二本批次招生，考生家长一下子面对500余所大学时的选择难度是非常大的。
二本三本合并的利
1、以后三本院校毕业生在就业时，可以统称为本科毕业，不会再有观念上的歧视。从而淡化模糊二三本的等级界限。
2、对三本高分段考生而言，按原来二本、三本分别划线，只能上三本的考生，由于二、三本的合并，现在就有机会读公办的好一点的二本院校。
二本三本合并的弊
1、对二本踩线生而言，二三本合并，上二本线的考生数量将扩大，原来略高于二本线的考生受到冲击最大。这部分人在分开招生的时候，有机会录取到二本院校，合并后这部分人再想上原来的二本院校就变得困难，即使在原来的三本院校里也未必会读到好学校、好专业。
2、对家长和而生而言，往年的分数线将失去参考价值。家长和考生选择院校时，最大的参照物就是：往年录取分数线。但高校的录取分数线还受招生人数和计划的影响。二、三本合并之后，高校的录取分数线将会呈现与往年极大的不同。将有一大波考生放弃三批民办学院，和二本考生争抢公办院校名额，这也导致部分院校被扎推报考，其录取分数线也将水涨船高。如果家长还参照往年录取线，将会有较大风险。
3、三本并入二本，院校范围更大，体系更庞杂，地域分布广泛，办学特色各异，好多学校从名称上相近或相似，难以区分。这对缺乏院校常识的考生家长来说是一个不小的挑战。