有氧呼吸是指细胞或微生物在氧气的参与下,通过多种酶的催化作用,把有机物彻底氧化分解(通常以分解葡萄糖为主),产生二氧化碳和水,释放能量,合成大量ATP的过程。(例外:硝化细菌有氧呼吸产生硝酸和水)
无氧呼吸是指在厌氧条件下,厌氧或兼性厌氧微生物以外源无机氧化物或有机物作为末端氢(电子)受体时发生的一类产能效率较低的特殊呼吸。外源无机氧化物主要有NO3-、NO2-、SO4-、S2O32-、CO2、Fe3+等,有机物很少见,有延胡索酸、甘氨酸等。
两种呼吸作用的作用场所不同、分解产物不同、分解条件不同、产生的能量大小也不相同。首先,分解过程中是否有氧是最明显的差异,然后,在分解场所上,有氧呼吸需要线粒体,无氧呼吸则不需要;其次,分解产物也不相同,有氧呼吸产生二氧化碳和水,无氧呼吸的产物是不完全氧化物;最后,有氧呼吸释放的能量多,无氧呼吸释放的能量少。
有氧呼吸与无氧呼吸之间相互依赖却又相互制约。在原始的大气层中,由于其含氧量几乎为零,因此生物所进行的是无氧呼吸方式。这个过程可以不借助氧气来完成,当自养型生物出现之后,大气中氧气的浓度逐渐增高,此后有氧呼吸成为了主要的呼吸方式。