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校学生会管理的事务大多数是学校的事情，而院学生会只会负责自己所属院系的一些工作。进校学生会比系学生会严格点，但是不管是哪个学生会，都可以给你锻炼的机会。
校学生会的工作是负责校级活动的策划和举办，一般来说校内的一些活动，比方说运动会，校园歌手大赛以及各种校级活动，都会有校学生会承办。除此之外，大学社团也会在校学生会里面进行报备。
院系学生会只对自己的学院负责，并且学生会的名称也会有所变化，比方说美术学院的院学生会就会称之为“美术学院学生会”以此命名。当然院系学生会负责的东西也和校学生会不一样，比方说各个专业的入党名额，各类评优评先，以及校级活动的选拔，都会有院系学生会负责。
无论是校会还是系会，都可以积累人脉和锻炼与人交流沟通能力，校会相对来说更全面些。但是反过来说，系会进入相对容易些，而校会则比较严格，不太容易进入。一般大学开学都是系会先招新，然后才是校会。我建议你先进系会，然后再去冲击校会，如果进去最好，到时可以考虑退出系会，这样比较保险。