第一,层次规格不同。在层次上,一流大学高于一流学科大学;在数量上,一流学科大学多于一流大学。一流大学共计42所,囊括了原有的全部985大学,不过划分为A和B两类,其中A类36所,B类6所。一流学科大学共计95所,囊括原985以外的所有211大学,另有24所学科优势突出的大学入选。
第二,创建目标不同。一流大学并非已经是世界一流大学,离世界一流大学尚有差距,目标和任务是创建世界一流大学。一流学科大学也并非现有的优势学科已经达到世界一流学科水平,目标和任务是创建世界一流学科。经过五年创建,是否达到目标还要通过国家评定。
第三,综合实力不同。一流大学综合办学实力显著高于一流学科大学,其一流学科或者是优势学科、特色学科大大多于一流学科大学。当然这并非绝对的,个别一流学科大学的一流学科或优势学科、特色学科多于一流大学,但综合实力上的差距仍然是明显的。
第四,录取分数不同。大学招生录取的分数与自身层次高低是相对应的,层次高录取分数就高。因此,一流大学的录取分数明显比一流学科大学录取分数高。但是也不是绝对的,有少部分一流学科大学的录取分数会高于一流大学的录取分数,如北京邮电大学、中国政法大学、中国传媒大学等一流学科大学录取分数普遍高于西北农林科技大学、中国海洋大学、湖南大学、郑州大学、新疆大学、云南大学等。这主要跟专业以及大学区位优势相关。