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what is it为特殊疑问句，是问“这个是什么”，是一个单句，可以单用的。what it is为名词性从句，不能以问句形式出现，一般在句子的一部分，比如：I am wondering what it is。
what is it和 what it is
what is it是疑问的语气，而what it is 是陈述的语序。
what is it in your bag？用于引导疑问句，翻译：你包里的是什么?
I don't know what it is.用在宾语从句中，翻译：我不知道那是什么。
特殊疑问句
特殊疑问句是在英语中以特殊疑问词开头，对句中某一成分提问的句子。常用的疑问词有（特殊疑问词）：what 、who 、whose 、which 、when 、where 、how 、why等。
回答特殊疑问句时，不能用yes / no，即问什么答什么，尤其是简略回答。
特殊疑问词：
Who谁——Whose谁的（加se)
Why为什么 When什么时候 Where在哪里 Which哪一个
What什么 ( What time什么时间 What colour什么颜色）
How怎么样，How much多少钱{价格}，How many 多少{数量}（对不可数名词进行提问）
How long多长 How often多少次 How big多大 How heavy多重{重量} How far多远{路程}