学校下设22个学院,19所附属医院,28个研究机构。拥有1个国家医学中心,1个国家临床医学研究中心,1个国家重点实验室,11个省部级重点实验室,3个省部级工程技术研究中心/工程实验室,3个省部级协同创新中心、1个国家大学科技园培育基地、32个市(厅)级重点实验室。拥有1个国家重点学科,7个省部级重点学科,32个市(厅)级重点学科;临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、免疫学、神经科学与行为学进入ESI排名全球前1%,全学科ESI综合排名位居全国高校百强。学校拥有19个国家临床重点专科,74个省(部)级重点专科,其中呼吸内科排名全国第一、小儿外科排名全国第二、变态反应科排名全国第三、胸外科排名全国第六、精神医学专科排名全国第七、小儿内科排名全国第八。