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平行志愿按照“分数优先，遵循志愿”的原则，对分数线上未被录取的考生按录取总成绩从高分到低分排序进行一次性投档。
平行志愿投档按“分数优先，遵循志愿”的原则实行一次性投档。投档时首先按考生总分(文史、理工类为高考合计总分、体育类为综合分、艺术类为专业统考成绩)从高到低排序，再按考生填报的平行志愿顺序依次进行检索，原则上按招生计划105%左右的比例(艺术类按100%比例)向招生院校投放档案。
保护分数高排在前的考生，是平行志愿的基本原则。具体的方法是：将同一科类（比如文科）达到该批次录取控制线（比如一本二本对应批次）的考生，按成绩从高到低排序，再由计算机软件系统根据考生填报的志愿依次检索，一旦有符合投档条件的考生档案，立即向高校投档，供高校审阅选择。即所有考生纵向排一个队列，高位次考生获得优先投档机会。同分考生，按位次排序。
每个考生在每一轮录取批次中，只有一次投档机会，一定要注意学校公示的往年录取分数中，是否包含加分、还是裸分，以及招生章程中的单科成绩要求、身体条件、性别要求等，避免投档后被退。