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制药工程专业毕业后可到制药工程(或医药生物技术)领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发等工作。也适于报考生物技术、药学及相关专业的研究生。
制药工程专业就业前景
医药产业已成为世界经济强国竞争的焦点，世界上许多国家都把建立医药品工业视为国家强盛的一个象征。新药的不断发现和治疗方法（如基因研究）的巨大进步，促使医药工业发生了非常大的变化。
因此，无论是药品，还是过程技术都需要新型制药工程师，这类人才掌握最新技术和交叉学科知识、具备制药过程和产品双向定位的知识及能力，同时了解密集的工业信息并熟悉全球和本国政策法规。企业都对制药工程专业人才有较大的需求量。
毕业生主要就业去向
学生毕业后可以在与药品相关的多种行业工作，具体包括：
1.药品研发人员——在药厂、大学、研究所的研究部门，从事药物研发工作；
2.生产、技术人员——在药厂，从事药品生产、技术工作；
3.质检化验人员——在药检所、药厂、食品厂从事食品药品质检化验，质量鉴定和制定相应的质量标准；
4.管理人员——在药厂，从事药物的生产技术管理等工作；
5.营销人员——在药厂、医药营销公司，从事药品营销、内勤等工作；
6.药剂师——在医院药剂科，从事制剂、质检、临床药学等工作；在药店、医药营销公司，从事药品使用指导咨询等工作；
7.药品监督人员——公务员，在国家、省、市、县药品监督局，从事食品药品质量监督等工作；
8.营养师——接受专业知识技能培训，通过国家职业资格考试认证获得的新兴职业。